Pewne dane na ten temat zachowały się w archiwum parafialnym (m.in. relacje ks. Bonifacego Brodowskiego z XVIII w. i z końca tegoż wieku – opis dokumentów parafialnych autorstwa ks. J. Janiszewskiego). Według tradycji, opartej na zachowanym do połowy XVIII w. napisie w kościele, pierwsza świątynia w Targowisku miała być wystawiona w 2 połowie XI w., a parafię erygowano w 1293 r. W źródłach parafia jest wzmiankowana już w 1334 r. Granice jej były obszerniejsze od dzisiejszych, gdyż należały do niej: Gałęzów, Giełczew, Wysokie i Wola Gałęzowska. Uposażenie było bardzo dobre, składała się na nie miedzy innymi dziesięcina. Kilku wsi położonych w odległych stronach (np. na terenie parafii Jankowice, obecnie diecezja sandomierska) i kilka łanów pola. W okresie przynależności do diecezji krakowskiej parafia wchodziła w skład archidiakonatu zawichojskiego (dekanat Urzędów). W XIX w. znalazła się natomiast w granicach diecezji lubelskiej, w dekanacie krasnostawskim.

Przy parafii istniała duża biblioteka z której do dnia dzisiejszego zachowało się niewiele ksiąg z XVI-XIX w. Nowa plebania została wybudowana w 1973 r. (poprzednia z 1909 r., również murowana, z powodu zawilgocenia już ok. 1968 r. nie nadawała się do zamieszkania).

Nazwa wsi Targowisko zwana dawniej Targowiska, przypuszczalnie pochodzi stąd, że już w zamierzchłych czasach miały tutaj miejsce targi, jarmarki – kwitł tutaj handel. Takie targi odbywały się przy ważnych drogach i szlakach handlowych w tym przypadku na Wołyń.

Św. Tomasz Becket urodził się w Londynie w 1118 r. Studiował w Paryżu, a następnie pracował w londyńskim urzędzie skarbowym. Mając powołanie kapłańskie wstąpił do seminarium, skąd wysłano go na studia do Bolonii i Auxerre. Po ich ukończeniu został mianowany archidiakonem Canterbury w 1154 r., a rok później został kanclerzem króla Anglii Henryka II. W tym czasie Tomasz bez zastrzeżeń był wierny królowi. W 1162 r., kiedy dostał nominację na biskupa Canterbury, jego życie uległo radykalnej zmianie. Z dworaka i karierowicza przeobraził się w męża broniącego autorytetu Kościoła przed ingerencją władzy świeckiej — króla Henryka II, za co został wygnany do Francji, gdzie przebywał sześć lat. Dzięki interwencji papieża powrócił do Anglii, gdzie nadal stawiał czoło wielu przeciwnościom, chroniąc prymatu i nauki Piotra przez zakusami króla. Dnia 29 grudnia 1170 r., podczas nabożeństwa odprawianego w katedrze, został zamordowany przez siepaczy króla. Kilka lat po jego męczeńskiej śmierci papież Aleksander III dokonał kanonizacji Tomasza.

Kult św. Tomasza szybko szerzył się najpierw w Anglii, a następnie objął całą Europę Zachodnią. Dość wcześnie dotarł także na ziemie polskie. Świadectwem na istnienie tego kultu w Polsce są kościoły dedykowane temu Świętemu. W naszej archidiecezji także. Dowodem na to jest właśnie kościół parafialny w Targowisku pod wezwaniem św. Tomasza z Canterbury. Już Jan Długosz wspomina o kościele drewnianym w Targowisku w XV w. pod tym wezwaniem. Możliwe, że nadano je już przy erygowaniu parafii w 1293 r. Pozostaje zagadką, kto był tego inicjatorem i dlaczego właśnie w Targowisku. Archiwum parafii, obok ksiąg metrykalnych, wizytacji kanonicznych i kroniki, zawierało bardzo ciekawe dokumenty i relacje odnośnie do dziejów tutejszego kościoła i społeczności katolickiej. Znajdowały się w nim m.in. opisy z XVIII w. autorstwa miejscowych proboszczów. Według relacji ks. Brodowskiego, opierającego się zachowanym starym napisie kościelnym, pierwsza świątynia miała już istnieć w XI w., a jej konsekratorem był św. Stanisław Szczepanowski.

Pewniejsza i udokumentowana wiadomość o istnieniu kościoła pochodzi jednak z okresu późniejszego: mógł to być koniec XIII w. albo początek XIV w. Również Długosz mówi o kościele drewnianym, który w XV w. był pod tym samym wezwaniem co dzisiaj: Św. Tomasza z Canterbury. W roku 1740 kościół spalił się. Obecnie istniejącą świątynię wybudowano w 1746 r. z fundacji proboszcza, a zarazem właściciela dóbr targowskich ks. Bonifacego Brodowskiego. W 1751 r. został on konsekrowany przez bpa Kajetana Sołtyka. W 1858 r. odnowiono go. Już około 1920 r. był znowu bardzo zniszczony, stąd gruntownej restauracji poddano go w latach 1923-1930 (podwyższenie prezbiterium i zakrystii, zbudowanie sklepienia kolebkowego, położenie posadzki, przeróbka ołtarzy). W roku 1970 pomalowano wnętrze.

Miejscowości należące do parafii to: Baraki, Biskupie Wieś i Kolonia, Boćków, Budy, Podgaj, Targowisko Wieś i Kolonia, Tarnawka, Wólka Ponikiewska i Zakrzew Wieś i Kolonia. Odpusty odbywają się tu na św. Tomasza Biskupa Męczennika 29 grudnia i na Matki Boskiej Szkaplerznej 16 lipca.